Investigadores del Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2 (PAIS) desarrollaron una estrategia que permite hacer monitoreo en tiempo real y detectar las nuevas variantes del coronavirus
En los últimos días de diciembre, cuando se conocieron los primeros reportes sobre una nueva variante del coronavirus que puso en estado de alerta el sistema de salud del Reino Unido y llevó a establecer restricciones estrictas en varios países del mundo (entre ellos, el nuestro) a viajeros provenientes de ese país, los investigadores del Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica de SARS-CoV-2 (PAIS) se pusieron manos a la obra para desarrollar una estrategia que permitiera hacer monitoreo en tiempo real.
"¿Estábamos todos seguros de que habíamos hecho los controles que había que hacer en el aeropuerto? ¿De que a toda persona que había llegado del exterior se le había pedido que hiciera la cuarentena, aunque contara con una PCR negativa (podía estar en período de incubación)? La respuesta a estas preguntas era "no", entonces perfectamente podía haber ingresado la nueva variante al país. Muy rápido, en medio de las fiestas, completamos una prueba de concepto para mostrar que podíamos hacer una vigilancia más rápida", cuenta Mariana Viegas, líder del Proyecto Argentino Interinstitucional de Genómica del SARS-CoV-2 (PAIS), del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación.
Dado que los marcadores de las variantes detectadas en el Reino Unido y en Sudáfrica, que son las que generan mayor preocupación, están principalmente en una sola región de la famosa proteína Spike (S), la llamada RBD, donde el virus se une al receptor celular, vieron que haciendo una secuenciación muy corta de un fragmento pequeño de esa proteína podían determinar si el virus detectado pertenece o no a las variantes de interés. "Es más rápido y podemos ir monitoreando todo el tiempo", destaca Viegas.
El ensayo inicial lo hicieron en las 71 muestras positivas que habían llegado al Laboratorio de Virología del Hospital de Niños Ricardo Gutiérrez entre el 14 y el 18 de diciembre, entre las que analizaron 39. En ninguna detectaron las variantes. Una prueba posterior en 144 muestras recolectadas en de CABA, Gran Buenos Aires (GBA) y Santa Fe hasta el 26 de diciembre tampoco detectó ninguno de los cambios marcadores de la proteína S de la variante detectada en el Reino Unido. Sí se observó la presencia de la mutación S_E484K en una muestra proveniente del GBA, que es una de las tres mutaciones de la variante de Sudáfrica, y también se encuentra como única mutación del gen S en otra detectada en Río de Janeiro.
"Aunque el hallazgo es interesante, se requiere secuenciar el genoma completo del SARS-CoV-2 para determinar si el virus encontrado en GBA comparte un origen común con la variante de Río de Janeiro -agrega Veigas-. Pero estamos en condiciones de detectarlas en tiempo real, por lo que proponemos que se aplique esta metodología en todo el país, en los centros que están en condiciones de hacerlo".
Mutantes
Desde que se desató la pandemia, se documentaron muchas variaciones del coronavirus. Lo que genera preocupación entre las autoridades sanitarias de todo el mundo son los indicios de que la nueva mutación, llamada B.1.1.7, aunque en otros aspectos se comporta de forma similar a las versiones conocidas hasta ahora, sería entre un 50 y un 70% más transmisible.
Para el virólogo del INTA Juan Pablo Jaworski, el hecho de que sea más contagiosa es incluso peor que el que sea más letal. "La contagiosidad hace crecer exponencialmente las muertes, mientras que la letalidad lo hace linealmente. Basta con comparar el saldo del SARS-CoV- 2 con el del SARS-CoV- 1 (que originó un brote en 2003). El 1 era mucho más letal, pero la contagiosidad era más baja y no llegó a las 10.000 muertes".
Según explica Humberto Debat, también virólogo del INTA e integrante del consorcio PAIS, la información clave sobre la nueva variante surge de dos documentos publicados el 21 y el 28 de diciembre por Public Health England (PHE) con la colaboración de expertos del Imperial College London, de la Universidad de Birmingham, la Universidad de Edimburgo y el Welcome Sanger Institute. En el Reino Unido, el consorcio COG-UK secuencia muestras de SARS-CoV-2 de aproximadamente el 10% de los casos positivos detectados.
"Esto es algo fuera de serie -subraya Debat-, incomparable con el resto del mundo, lo que les permite una capacidad de análisis sin precedente de la diversidad y trayectoria evolutiva del virus. En este contexto identificaron la denominada B.1.1.7, que llamó inmediatamente la atención porque adquirió 17 mutaciones en comparación con su antepasado detectado más reciente en un tiempo mucho más reducido que el esperado. También sorprendió por la localización de las variaciones: muchas se encuentran en el gen que codifica la proteína S en la superficie del SARS-CoV-2, a través del cual el virus se une al receptor ACE2, ingresa a las células del hospedante e inicia el ciclo viral. Existen consecuencias biológicas plausibles y testeadas experimentalmente de algunas de las mutaciones observadas, pero aun no conocemos el efecto combinado de las 17 juntas".
La mayor preocupación surge de que es muy distinta, del desconocimiento de su biología y de una serie de patrones epidemiológicos que sugieren que se comporta distinto del resto del virus circulante. Lo que sí parece cada vez más claro es que se contagia con más facilidad. En términos generales, durante todo diciembre hubo un fuerte aumento de casos en Londres y el este de Inglaterra, y ahora estaría reemplazando muy rápidamente a otras. Ya desde el 9 de diciembre más del 60% de todos los casos que se detectaron correspondían a B.1.1.7 en comparación con el 30% en noviembre.
Más casos, más muertes
Con respecto de su transmisibilidad y letalidad, Debat cita al epidemiólogo británico Adam Kucharski, que en trabajos teóricos mostró que una variante 50% más transmisible genera cinco veces más muertes en un mes que una 50% más letal. "Desde el inicio del brote intentamos explicar, desde la cautela, que las mutaciones rara vez tienen algún efecto en la pandemia porque son excepcionales los cambios que tienen un correlato en el comportamiento del virus -dice Debat-. También fuimos muy escépticos con respecto a la sugerencia de que algunas sean más transmisibles. Esto es distinto, de pronto hay mucha información epidemiológica que sugiere de manera contundente un comportamiento diferente de esta variante con respecto a otras, por lo que se entienden las medidas orientadas a su control, y que se actuara en tiempo récord en el Reino Unido y en otros países. Los experimentos para confirmar estos resultados preliminares sobre aumento de tasa de transmisión, la efectividad de las vacunas y otros tratamientos se están haciendo y tendremos resultados en los próximos días".Costa atlántica: El sector que resultó el gran perdedor de este verano
Otros estudios sugieren que los pacientes con Covid por esta nueva forma del virus tienen cargas virales más altas y, por lo tanto, podrían ser más infecciosos. "Pero, de nuevo -aclara Debat-, es mucho más lo que desconocemos que de lo que sabemos. Queda por dilucidar si esto influirá en la gravedad de la enfermedad, la reinfección, la eficacia de las vacunas y los tratamientos. Por lo tanto, todavía hay mucho trabajo por hacer, incluidos experimentos de laboratorio, estudios de rastreo de contactos y vigilancia genómica. De lo que estamos seguros es que no alteraría la efectividad de las medidas básicas que limitan la dispersión de tantos virus respiratorios: el distanciamiento social, el barbijo, el lavado de manos y principalmente de ventilación".
"¿Cuál es la implicancia de que esa variante ingrese a nuestro país? -se pregunta Viegas-. Nadie lo sabe. Que uno tenga circulando un virus más transmisible sumado a un comportamiento social descontrolado hace que se propague más. Ahora, si la variante no es transmisible y el comportamiento social es descontrolado, también se transmite. Y lo estamos viendo".
